Πλατφόρμα υπολογιστικής μετα-ανάλυσης δεδομένων από μελέτες συσχέτισης γονιδιωματικής κλίμακας

Περιγραφή

Μελέτες συσχέτισης γονιδιωματικής κλίμακας (Genome Wide Association Studies-GWAS) αποτελούν την “Aιχμή του δόρατος” στην ανακάλυψη κοινών γενετικών πολυμορφισμών που σχετίζονται με σύνθετες ασθένειες και φαινοτύπους. Στην παρούσα πρόταση περιγράφουμε μια πρωτοποριακή πλατφόρμα για την μετα-άναλυση GWAS δεδομένων και τη στοχευμένη ανάδειξη δυνητικών βιοδεικτών. Οι διεθνείς ερευνητικές συμπράξεις που πραγματοποιήθηκαν τα τελευταία χρόνια (HapMap Project, 1000 Genomes Project), αποκάλυψαν την ευρεία έκταση των πολυμορφισμών στο γονιδίωμα και έδειξαν ότι στην πλειοψηφία τους εδράζονται σε μη-κωδικές περιοχές, όπως θέσεις πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων Για τη μελέτη της περίπλοκης συνδυαστικής δράσης πολλαπλών σημειακών πολυμορφισμών είναι αναγκαία η εφαρμογή πολυπαραγοντικών μοντέλων στατιστικής ανάλυσης. Οι προκλήσεις στην κατεύθυνση αυτή προκύπτουν αφενός από το τεράστιο μέγεθος του υπό εξέταση χώρου και αφετέρου από την αναγκαιότητα εύρωστης εκτίμησης της απόδοσης κατά τη διαδικασία επιλογής ενός πολυπαραγοντικού μοντέλου. Η εταιρεία GNOSIS έχει αναπτύξει το εργαλείο Just Add Data Bio(JAD bio) το οποίο ενσωματώνει μεταξύ άλλων μεθόδους ανίχνευσης στατιστικά ισοδύναμων υποσυνόλων προγνωστικών μεταβλητών. Το εργαστήριο DIANA έχει αναπτύξει μερικά από τα καλύτερα εργαλεία παγκοσμίως για ανίχνευση στόχων μικρών RNA και αναγνώριση ρυθμιστικών περιοχών αυτών. Στην παρούσα πράξη προτείνουμε τη δημιουργία ενός εύχρηστου και καινοτόμου εργαλείου με διττή δράση. α) Θα εξάγει ένα σύνολο πολυμορφισμών με τη χρήση πολυπαραγοντικών μοντέλων τα οποία θα συσχετίζουν μεταλλάξεις με φαινότυπο και β) θα αξιολογείται η επίδραση των πολυμορφισμών τόσο σε κωδικές περιοχές όσο και σε μη κωδικές ρυθμιστικές περιοχές. Για πρώτη φορά θα μπορεί ο χρήστης να αναγνωρίσει κύρια ρυθμιστικά μόρια ως δυνητικούς βιοδείκτες και θεραπευτικούς στόχους σε ασθένειες-νεοπλασίες.